Dalam rangka meningkatkan pemahaman anggota mengenai identifikasi spesies berbasis genetik, LEVA (Lestari Mangrove dan Alam) menyelenggarakan Kelas Mangrove 2 dengan tema “Pengembangan Biodiversitas Melalui Pendekatan Biomolekuler dan Implementasinya” pada Sabtu, 27 Juni 2026, pukul 09.00 WIB hingga selesai. Kegiatan ini dilaksanakan secara offline di Rumah Leva dan menghadirkan Kak Muhammad Luqman (@mluqman_a), sebagai narasumber dan seorang teknisi laboratorium wet lab molecular biology. Kelas ini diikuti oleh sejumlah anggota LEVA, yaitu Kak Nathasi, Kak Pras, Kak Hima, Kak Bella, Kak Shila, dan Kak Athiya, yang antusias mempelajari salah satu metode mutakhir dalam dunia konservasi dan taksonomi.
Kelas Mangrove sendiri merupakan salah satu program kerja (proker) rutin dari Divisi Edukasi dan Konservasi LEVA, yang secara berkala diselenggarakan untuk menambah wawasan anggota mengenai berbagai topik seputar mangrove, konservasi, dan isu lingkungan yang sedang berkembang. Melalui program ini, anggota LEVA diajak untuk terus belajar hal-hal baru, baik dari sisi ilmu pengetahuan maupun keterampilan praktis, sehingga semakin siap untuk terlibat dalam kegiatan edukasi dan konservasi mangrove yang dijalankan LEVA. Kelas Mangrove 2 ini menjadi kelanjutan dari rangkaian program tersebut, dengan mengangkat topik yang lebih spesifik, yaitu pendekatan biomolekuler dalam pengembangan biodiversitas.
Biomolekuler atau biologi molekuler sendiri merupakan ilmu yang sangat krusial dalam berbagai aspek kehidupan. Secara garis besar, ilmu ini memungkinkan deteksi penyakit secara lebih presisi, rekayasa genetika untuk pengembangan obat dan vaksin, hingga pemuliaan tanaman demi mendukung ketahanan pangan. Lalu, pada mangrove sendiri, kira-kira apa yang bisa kita ketahui melalui ilmu ini? Salah satu jawabannya adalah kekerabatan antarspesies. Melalui pendekatan biomolekuler, kita dapat mengidentifikasi hubungan kekerabatan spesies mangrove dengan memanfaatkan marker DNA.
Kelas Mangrove 2 diadakan untuk menjawab tantangan yang selama ini dihadapi dalam identifikasi spesies tumbuhan mangrove, khususnya ketika sampel yang ditemukan di lapangan tidak memiliki organ lengkap, berupa bibit muda, atau memiliki ciri morfologi yang sangat mirip antarspesies (cryptic species). Melalui pendekatan biomolekuler, kendala tersebut dapat diatasi dengan memanfaatkan DNA sebagai penanda identitas genetik suatu organisme, mengingat DNA bersifat stabil, diwariskan, terdapat pada hampir seluruh organisme, dan memiliki variasi antar spesies yang dapat dibedakan.
Sesi materi dibuka dengan pertanyaan ringan yang memancing rasa penasaran peserta, yaitu bagaimana cara membedakan dua spesies yang secara fisik tampak sangat mirip. Dari sana, Kak Luqman menjelaskan konsep dasar central dogma biomolekuler, yaitu proses bagaimana informasi genetik yang tersimpan dalam DNA diubah menjadi RNA, lalu diterjemahkan menjadi protein yang menentukan sifat suatu makhluk hidup. Konsep ini menjadi dasar untuk memahami DNA barcoding, yaitu metode mengenali spesies dengan cara membaca “kode unik” pada bagian tertentu dari DNA, yang disebut marker. Selain itu, peserta juga diperkenalkan pada environmental DNA (eDNA), yaitu materi genetik yang bisa ditemukan dari lingkungan sekitar, seperti air, tanah, atau lumpur, tanpa perlu menangkap atau melihat langsung makhluk hidupnya, lengkap dengan cara kerja, kelebihan, kekurangan, serta manfaatnya dalam memantau keanekaragaman hayati.
Selain itu, peserta juga diajak memahami alur kerja DNA barcoding secara lengkap, mulai dari pengambilan sampel, ekstraksi DNA, memperbanyak DNA melalui PCR, hingga sequencing atau proses “membaca” urutan DNA. Hasil pembacaan ini kemudian dicocokkan dengan data yang sudah ada di database, seperti GenBank dan BOLD, menggunakan aplikasi bernama BLAST, sehingga bisa diketahui nama spesiesnya, seberapa mirip dengan data pembanding, hingga hubungan kekerabatannya dengan spesies lain yang biasanya digambarkan dalam bentuk pohon filogenetik. Sebagai contoh nyata penerapannya, dibahas juga studi mengenai penggunaan DNA barcoding untuk mengenali jenis hiu Hemiscyllium spp. di Raja Ampat, serta identifikasi tumbuhan Kitolod (Hippobroma longiflora) menggunakan gen matK, yang menunjukkan bahwa metode ini banyak digunakan dalam penelitian dan upaya konservasi di Indonesia.
Selepas sesi materi, kegiatan dilanjutkan dengan sesi praktik langsung menggunakan software SnapGene. Di sesi ini, peserta diajak mencoba sendiri tahapan awal proses DNA barcoding, mulai dari mengambil bagian gen atau marker tertentu (seperti matK) dari data genom yang diunduh melalui NCBI, kemudian mendesain primer atau semacam “penanda” yang akan digunakan untuk menemukan gen tersebut, hingga mencoba simulasi PCR dan elektroforesis secara drylab (simulasi di komputer) untuk memperkirakan hasil yang akan didapat jika dilakukan langsung di laboratorium.
Menariknya, dalam sesi workshop kali ini, peserta juga mencoba mengidentifikasi kekerabatan salah satu jenis mangrove, yaitu Rhizophora lamarckii. Berdasarkan analisis marker matK, diketahui bahwa Rhizophora lamarckii merupakan hasil persilangan alami antara Rhizophora mucronata dan Rhizophora stylosa. Hal inilah yang menjadi alasan mengapa secara morfologi, Rhizophora lamarckii tampak mirip dengan kedua induknya tersebut, karena sifat-sifat genetik dari Rhizophora mucronata dan Rhizophora stylosa diwariskan dan bercampur pada Rhizophora lamarckii. Kemiripan ciri fisik inilah yang membuat identifikasi hanya berdasarkan morfologi menjadi rawan keliru, sehingga pendekatan biomolekuler seperti DNA barcoding menjadi sangat membantu untuk memastikan identitas dan asal-usul suatu spesies secara lebih akurat.
Melalui Kelas Mangrove 2 ini, anggota LEVA mendapatkan bekal pengetahuan baru mengenai pendekatan biomolekuler sebagai alat bantu identifikasi spesies yang lebih akurat dan objektif, khususnya dalam konteks konservasi mangrove dan keanekaragaman hayati secara lebih luas. Pemahaman mengenai DNA barcoding dan eDNA ini diharapkan dapat memperkaya wawasan ilmiah anggota serta menjadi bekal yang bermanfaat dalam kegiatan edukasi, penelitian, maupun program konservasi yang dijalankan LEVA ke depannya.
Salam Lestari!
Penulis: Bayu Ashila